يرجع تاريخها إلى مدرسة الإسكندرية و مؤسسها القديس مارمرقس الرسول وكانت رائده في التعاليم اللاهوتية بشهادة أباء الكنيسة واستمرت حتي توقفت في القرن الخامس الميلادي

واعيد افتتاحها في ايام البابا كيرلس الرابع المعروف بأبو الإصلاح إذ مهد لإنشاء مدرسة إكليريكية لتعليم رجال الدين في الفجالة سنة 1862 ثم بعد ذلك فتح مدرسة إكليريكية سنة ١٨٧٥ وما أن جاء البابا كيرلس الخامس فأعاد افتتاح الإكليريكية في نوفمبر ١٨٩٣ بحي الفجالة وعين لها يوسف بك منقريوس. الذي بعد نياحته عين الأستاذ الارشيدياكون حبيب جرجس أستاذًا ثم مديرًا لها،