تعتبر الكلية اللاهوتية القبطية الأ ُرثوذكسية امتدادًا لمدرسة الإسكندرية اللاهوتية ، التي أسسها القديس مار مرقس الرسول في القرن الأَول للميلاد ، والتي نالت آنئذٍ شهرة واسعة ، بل وكانت رائدًة في العلوم اللاهوتية ، بشهادة آباء الكنيسة ، وقد استمرت هذه المدرسة حتى توقفت في القرن الخامس الميلادي.

وكانت محاولة لإعادة افتتاحها في أيَام البابا كيرلس الرابع المعروف بأبي الإصلاح ، إذ مهد لإنشاء مدرسة إِكليريكية لتعليم الإكليروس في الفجالة سنة 1862م ، ثم بعد ذلك افتتح مدرسًة إكليريكية سنة ١٨٧٥م ، وما إِنْ جاء البابا كيرلس الخامس حتى أعاد افتتاح الإكليريكية في نوفمبر ١٨٩٣م بحي الفجالة بالقاهرة ، وعينٍ لها يوسف بك منقريوس ناظرًا، و بعد نياحته عُيَّن الأستاذ الأرشيدياكون حبيب جرجس أستاذًا ثم مديرًا لها، وبعد ذلك انتقل مقر الكلية الى مهمشة عام ١٩١2م ، وحتى سنة ١٩٥١م حينما انتقلت إلى مقرها الحالي بدير الانبا رويس .

و بعد نياحة الأرشيدياكون حبيب جرجس ، تولى القمص إِبراهيم عطية إدارتها حتى سنة 1962م حينما قام قداسة البابا كيرلس السادس برسامة القمص أنطونيوس السرياني أسقفًا للمعاهد الدينية والتربية الكنسية باسم ” نيافة الأنبا شنوده” وهكذا صار للكلية الإكليريكية أسقفٌ.

وقد اختارته العناية الإلهية فيما بعد  ليكون البطريرك ١١٧ للكنيسة في ١٩٧١م ،  وفي السنة 1967م قام قداسة البابا كيرلس بسيامة القمص باخوم المحرقي أسقفًا عامًا للدراسات اللاهوتية العليا والبحث العلمي باسم الأنبا غريغوريوس ، الذي وضع لائحة الكلية، كما أسس القسم الصباحي الجامعي. ولما جاء قداسة البابا الأنبا تواضروس الثاني البابا ١١٨ أطال الله حياته ، اهتم اهتمامًا بالغًا بالتعليم والكليات والمعاهد الدينية ، حيث سعى إلى رفع مستوى التعليم والبحث العلمي في مجال الدراسات اللاهوتية والكنسية المختلفة. فقد اهتم قداسته بالمعلم ، والمنهج ، والمباني  والمدرجات ، وقدم اهتمامًا خاصًا بالمكتبة، وأسس لجنة للإشراف علي الدراسات العليا لضمان جودة الرسائل العلمية. و تعتبر كلية اللاهوت في كنيستنا القبطية الأُرثوذكسية من الدعائم المهمة في الحفاظ علي الإيمان الأرثوذكسي والحضارة القبطية الاصيلة.

أقسام الدراسة : تضم هيئة التدريس بالكلية الإكليريكية نخبة متميزة من الأًساتذة المشهود لهم جميعاً بالأمَانة والسيرة الروحانية ، وتشمل أقسام الكلية :

1- قسم الكتاب المقدس.
2- قسم اللاهوت.
3- قسم الآباء وتاريخ الكنيسة.
4- قسم العبادة والليتورجيا.
٥-  قسم العلوم الإنسانية.
٦-  قسم اللغات.

والكلية لا تقتصر على الاهتمام بالجانب العلمي فقط ، بل تهتم أيضًا بالجانب الروحي للطلبة حيث إنها تعد من المصادر المهمة لإعداد القادة والرعاة في الكنيسة.